为达到预期的性能，家禽呼吸系统承受着巨大的生产压力，免疫生理反应和气体交换时刻都面临着挑战。呼吸系统疾病的管理在家禽生产中至关重要。

呼吸系统处理气体交换，具有三个重要功能：加热和加湿吸入的空气；将空气均匀地分配到肺部的最深处，并作为身体防御系统的一部分发挥作用。

肺是一个脆弱的器官，因为它与环境中存在的物质不断交换，每天吸入的空气中含有大量的病原体、过敏原和污染物。

呼吸道上皮细胞的多样性以独特的方式促进肺内稳态。呼吸道有三种防御机制：纤毛、粘液分泌和免疫细胞。

纤毛：气管及支气管主要由假复层上皮覆盖，其表面覆盖着纤毛细胞。纤毛因其有节奏的运动而发挥着多种重要功能，例如，通过排出积聚在粘膜中的颗粒，防治微生物攻击呼吸道。

粘液分泌：杯状细胞负责在呼吸道产生粘蛋白层，粘液由95%的水和2%的富含唾液酸的糖蛋白组成。粘蛋白是先天免疫系统的一部分，消除病原体和细胞碎片；形成凝胶状的聚合蛋白层，通过纤毛运动沿着气道向上移动。

气管中粘液产生的均匀性对于提高纤毛活动至关重要，细菌或病毒感染会产生更密集或更粘稠的粘液层。

除了先天防御系统外，还有上皮细胞识别微生物病原体及其产物，启动信号转导，以招募和沟通免疫系统细胞。

免疫细胞：气道上皮细胞、树突状细胞和（下呼吸道）肺泡巨噬细胞 (AM) 遇到吸入抗原并触发促炎或抗炎免疫反应的初始控制点。